Nomeie seus arquivos css de acordo: night.css, day.css, etc ... Um bônus legal é que, uma vez que o JavaScript obtém o tempo da máquina local em vez do servidor, os usuários receberão a folha de estilo baseada em tempo com base em seu tempo, não do servidor, que pode estar em um fuso horário completamente diferente.
Se o JavaScript estiver desabilitado no navegador, o padrão será a folha de estilo main.css.