Ao invés de ter que chamar / incluir um arquivo que você precisa em cada página, você pode tê-los automaticamente prefixados (parte superior do arquivo) ou anexados (parte inferior do arquivo) automaticamente através de seu arquivo .htaccess.
php_value auto_prepend_file "/real/path/to/file/functions.php" php_value auto_append_file "/real/path/to/file/footer.php"