Pode muito bem manter seu header.php limpo e inserir o shim do arquivo functions.php.
// add ie conditional html5 shim to header function add_ie_html5_shim () ( echo ''; echo ''; echo ''; ) add_action('wp_head', 'add_ie_html5_shim');A correção permite que os elementos HTML5 possam ser estilizados por meio de CSS nas versões do Internet Explorer inferiores a 9.