Você realmente deveria estar fazendo um ou outro. Por consistência, bem como SEO, bem.
Force o www.
RewriteEngine On RewriteCond %(HTTP_HOST) ^your-site.com (NC) RewriteRule ^(.*)$ http://www.your-site.com/$1 (L,R=301)
Remova o www.
RewriteEngine On RewriteCond %(HTTP_HOST) !^your-site.com$ (NC) RewriteRule ^(.*)$ http://your-site.com/$1 (L,R=301)